Nació en la ciudad de Campeche, Campeche donde inició sus estudios y después los continuó en Mérida, a la que abandonó para viajar a la ciudad de México a la muerte de su padre en 1861. En la ciudad capital ingresó al Liceo Franco Mexicano, de ahí pasó al Colegio de San Ildefonso, donde ganó varios reconocimientos por su inteligencia, talento y esfuerzo. Obtuvo el título de abogado en 1871.

Su brillantez intelectual lo llevo a integrarse, aún antes de titularse, a los círculos literarios más importantes de la época, de la mano de su tutor, Ignacio Manuel Altamirano, sin embargo, no se limitó a la literatura, sino que su obra se amplió debido a su interés en la historia, la sociología y la pedagogía.

En materia política, rechazaba el principio del sufragio popular y justificaban como indispensables las continuas reelecciones del general Díaz.  Desde sus primeros escritos se había manifestado partidario de un gobierno fuerte y cuestionaba la posibilidad de hacer realidad un sistema democrático en un país con el atraso político, socioeconómico y cultural de México. Un país rural, con índices de analfabetismo muy elevados, donde caciques y patrones dirigían al electorado, era mal suelo para un régimen que exigía independencia de criterio e ilustración.

Sostenía que la democracia podía ser una meta a futuro, pero antes había que sacar a los mexicanos de la pobreza y de la ignorancia. Mientras tanto, en su opinión, la dirección del país debía estar en manos de una oligarquía, con intereses propios que defender y, por ese camino, comprometida con el desarrollo material de México. Tal oligarquía debía estar aconsejada, a su vez, por una élite educada, con los conocimientos necesarios para orientar sus decisiones con el auxilio de las ciencias. En el futuro, quizá, en un México más "maduro", el sufragio universal podría funcionar, pero en ese momento, lo realista era restringir el voto a una comunidad política integrada sólo por quienes supieran leer y escribir.
Su obra histórica y sociológica es ya clásica y se expresa en libros como “México y su evolución social”, “Evolución política del pueblo mexicano” y “Juárez y su tiempo”. Como porfirista pensaba que mediante la enseñanza de la historia patria y el culto a los héroes se podrían integrar las identidades regionales y étnicas en una sola identidad nacional.

Al llegar a su fin la dictadura de Porfirio Díaz y triunfar la revolución maderista, Justo Sierra fue designado ministro Plenipotenciario de México en España, nombrado por el propio presidente Francisco I. Madero. Fue en ejercicio de sus funciones diplomáticas cuando falleció en Madrid, el 13 de septiembre de 1912.